Во время Великой Отечественной войны Алексеева оставили в Ленинграде. Он стал инструктором «Всевобуча». Обучал бойцов рукопашному бою, метанию гранаты, основам перемещаться на лыжах по пересеченной местности. Уже не секрет, что в таких «школах» обучались главным образом люди для зафронтовой разведки и для диверсионных работ на территории врага. Бойцы в короткий срок получали большой объем интенсивной физической подготовки, которая способствовала выполнению заданий и выживанию в сложных боевых условиях.
В 1942 году в тяжёлом состоянии Алексеев был эвакуирован из Ленинграда в Пятигорск. Там он увидел 14-летнюю Наталью Дятлову, которая, переехав после войны в Ленинград, под фамилией Смирницкая стала первой его ученицей, добившейся международных успехов — в 1949 году она стала рекордсменкой мира.
«За выдающуюся общественную и педагогическую деятельность в деле подготовки резервов для Красной Армии и Военно-морского Флота и отличные спортивные достижения» Алексееву было присвоено звание «заслуженный мастер спорта СССР».
В 1956 году было учреждено высшее спортивное звание для тренеров чемпионов – «заслуженный тренер СССР». И среди первых, кто удостоился его — Виктор Ильич Алексеев.